O município de Lavrinhas teve origem no povoado fundado por Honório Fidélis do Espírito Santo e Manoel Novaes da Cruz, em 1828, em torno da Capela de São Francisco de Paula, na localidade denominada Pinheiros. Este povoado levou inicialmente o nome de São Francisco de Paula dos Pinheiros e pertencia ao antigo território de Areias, com a elevação de Queluz a categoria de Vila, em 1842,Pinheiros foi anexada ao território da nova vila.
Em 27 de junho de 1881, o presidente da Província de São Paulo, o Senador do Império Sr. Florêncio Carlos de Abreu, sancionou a Lei nº 87 da Assembléia Provincial, elevando São Francisco de Paula dos Pinheiros à categoria de município e desmembrando-o do território de São João Batista de Queluz, mantendo ainda as mesmas divisas territoriais.
Localizado na rota que ligava Minas Gerais ao Vale do Paraíba e ao Litoral, o povoado só foi fundado oficialmente em 27 de junho de 1888, por Manoel da Cruz e Honório Fidélis do Espírito Santo, com o nome de São Francisco de Paula dos Pinheiros
Em 1873, com a passagem da Estrada de Ferro Dom Pedro II na região, os irmãos João Emidio Ribeiro e Antônio Francisco Ribeiro doaram um terreno da Fazenda Lavrinhas, de sua propriedade, para a E. F. D. Pedro II, com o objetivo de construir uma estação às margens da Estrada de Ferro e assim atender a grande produção cafeeira da localidade.
Em 12 de outubro de 1874, foi inaugurada a Estação Ferroviária, sendo a segunda estação no eixo Rio de Janeiro - São Paulo. Sua inauguração ocorreu com uma viagem feita pela locomotiva a vapor construída por Willian Fair Bain & Sons de 1852. Em torno das estações das estradas de ferro, formaram os núcleos de pequenas vilas que mais tarde se transformaram em cidades e Lavrinhas não fugiu a regra.
Na zona rural, já começava a exploração de lenha e carvão vegetal para uso nas locomotivas e caldeiras. A economia girava em torno do café e vestígios desses tempos ainda podem ver vistos nos casarões existentes em toda a extensão do município. No entanto, o centro administrativo e político permaneciam em Pinheiros.
Pôr volta de 1891, João e Antônio Ribeiro chegaram a região chamada Grama (atual bairro Jardim Mavisou), encontrado ali, pequenas lavras de ouro. Por serem pequenas, passaram a chamar o lugar de Lavrinhas.
Em 1906 foi criado o Distrito de Lavrinhas e somente após o Decreto 1.021 de 06 de novembro do mesmo ano, São Francisco de Paula dos Pinheiros passou a se chamar Pinheiros. Pelo município, descia a estrada que vinha de Minas Gerais em direção ao Rio de Janeiro, passando por Queluz, Areias e demais cidades do atual Vale Histórico .Em 1906 foi criado o distrito de Lavrinhas junto à Vila de Pinheiros
A Lei nº 1.592, de 28/12/1917, criou o distrito de Lavrinhas, distante 6 km da sede de Pinheiros e onde o Coronel Manuel Pinto Horta, grande benfeitor e político influente, teve a efetiva participação. Destaca-se como contribuição do Coronel Horta para a cidade a construção de grande parte dos prédios residenciais, industriais e comerciais, em terrenos de sua propriedade e com recursos próprios.
Em 1929 com a famosa queda da Bolsa de Nova Iorque os fazendeiros de café se enfraqueceram. Agravando a situação, as Revoluções de 1930 e 1932 deixaram o município ainda mais vulnerável, dando chance aos políticos de Queluz incorporarem novamente Pinheiros àquele município. Em 1936 houve eleição municipal, tornando-se prefeito o Sr. Sebastião Novaes e um ano após sua eleição, em 1937, Pinheiros volta a se tornar independente.
O distrito de Lavrinhas viu sua população aumentar, a economia crescer e foi se impondo como candidato à sede de município, o que realmente veio acontecer no ano de 1944, para desgostos dos pinheirenses. Também contribuiu para o declínio de Pinheiros, a construção da Rodovia Presidente Dutra, pois a estrada que vinha de Minas Gerais indo em direção ao Rio de Janeiro não passava mais por Pinheiros. Em 1945 a Câmara Municipal foi instalada definitivamente em Lavrinhas.
Em 30 de novembro de 1944 tornou-se município autônomo, com o nome atual.Na década de 60, com a extinção das matas locais, devido à exploração de carvão, lenha, e café, uma nova atividade surgiu: a pecuária leiteira. Posteriormente desenvolveu-se a exploração de bauxita e outros minérios, ocupando grande parte da mão de obra local, até os dias de hoje.
Nos últimos anos com o desenvolvimento da indústria e do comércio, surgiram também alguns balneários, pesqueiros, pousadas, bares e lanchonetes que atraem pessoas de outros cidades da região para apreciar as belezas naturais da cidade. O turismo passou então a representar importante fonte de renda e de crescimento para o município. Lavrinhas conta hoje com cinco bairros assim denominados: Centro, Pinheiros, Capela do Jacu, Jardim Mavisou e Village Campestre e ainda uma vasta Zona Rural.
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